เมื่อHelen Bermanทำงานเป็น X-ray crystallographer ที่ Institute for Cancer Research (ICR) ในฟิลาเดลเฟียในปี 1969 เธอและเพื่อนร่วมงานอีกจำนวนหนึ่งตระหนักว่าพื้นที่นี้กำลังจะถูกน้ำท่วม ก่อนหน้านั้น การกำหนดโครงสร้างของโปรตีน – อธิบายตำแหน่งของอะตอมแต่ละตัว – เป็นกระบวนการที่ใช้เวลานาน ทำให้ต้องสร้างและตีความข้อมูลการเลี้ยวเบนที่ซับซ้อนด้วยมือ โปรตีนส่วนใหญ่มีอะตอม
เป็นหมื่นๆ อะตอม
และในตอนนั้นแทบจะไม่มีการกำหนดโครงสร้างโปรตีนเลยแต่ Berman ซึ่งเป็นผู้ร่วมวิจัยของ ICR ตระหนักว่าเครื่องมือที่ได้รับการปรับปรุงและวิธีการคำนวณแบบใหม่จะส่งจำนวนโครงสร้างโปรตีนที่พุ่งสูงขึ้นในไม่ช้า เธอรู้สึกว่าฐานข้อมูลที่เหมาะสมซึ่งสามารถเก็บถาวรโครงสร้างจำนวนมาก
ในรูปแบบมาตรฐานได้นั้นเป็นสิ่งที่จำเป็นอย่างเร่งด่วน การบรรลุเป้าหมายดังกล่าวจะต้องใช้ความสามารถในการประมวลผลที่กว้างขวางและคอมพิวเตอร์กราฟิกที่ล้ำสมัยและในการประชุมปี 1971 ที่Cold Spring Harbor Laboratoryในลองไอส์แลนด์ นิวยอร์ก Berman และเพื่อนร่วมงานของเธอ
ได้พูดคุยเรื่องนี้กับWalter Hamiltonนักผลึกศาสตร์ที่มีชื่อเสียงจาก Brookhaven National Laboratory ซึ่งเป็นแรงบันดาลใจให้เขาสร้างธนาคารข้อมูลโปรตีน ( กปปส.)ในปีนั้น. สัญชาตญาณของ Berman นั้นถูกต้อง: รายการใน PDB เพิ่มขึ้นอย่างทวีคูณจาก 7 รายการในปี 1971 เป็น 100 รายการ
ในปี 1982, 1,000 รายการในปี 1993 และ 10,000 รายการในปี 1999 ปัจจุบัน PDB มีเกือบ 170,000 รายการ ทำให้เป็นทรัพยากรข้อมูลดิจิทัลแบบเปิดที่เข้าถึงได้ที่สำคัญที่สุดในด้านชีววิทยา .ปัญหานอกขอบเขตแต่ในปี 1998 เมื่อ Berman ย้าย PDB ไปที่ Rutgers University
เธอสัมผัสได้ถึงวิกฤตที่ใกล้เข้ามาอีกครั้ง แม้ว่าในตอนแรก X-ray crystallography เป็นเครื่องมือหลักในการระบุโครงสร้างโปรตีน แต่ในไม่ช้ามันก็ถูกรวมเข้ากับนิวเคลียร์แมกเนติกเรโซแนนซ์สเปกโทรสโกปี (NMR) และกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบไครโอเจนิก (cryo-EM) นักวิจัยจึงต้องหันมา
ใช้การกำหนด
โครงสร้างแบบ “เชิงบูรณาการ” มากขึ้นเรื่อยๆ โดยอิงจากข้อมูลจากวิธีการทดลองหลายวิธี ไม่ใช่แค่ cryo-EM และ NMR แต่ยังรวมถึงการเชื่อมขวางทางเคมี การกระเจิงมุมเล็ก การถ่ายโอนพลังงานเรโซแนนซ์ Förster และอื่นๆBerman คิดว่างานวิจัยนี้ถูกขัดขวางโดยไร้จุดหมายเนื่องจากผู้ใช้
ต้องสำรวจแนวทางการจัดการข้อมูลที่แตกต่างกัน ในการแสวงหาวิธีที่จะอนุญาตให้ป้อนแบบจำลองโปรตีนที่กำหนดแตกต่างกันเหล่านี้ลงในที่เก็บข้อมูลเดียว เธอตระหนักทันทีว่าแต่ละชุมชนไม่เพียงสร้างวิธีที่แตกต่างกันในการจัดเก็บและจัดการข้อมูล แต่ยังพัฒนาภาษา มาตรฐาน เกณฑ์สำหรับการยอมรับ
ที่แตกต่างกันด้วย และขีดจำกัดต่างๆ ของตำแหน่งที่เป็นไปได้ของแต่ละอะตอมในโปรตีนชั่วขณะหนึ่ง Berman เอาชนะอุปสรรคนี้ด้วยการติดตั้งโครงสร้างเชิงบูรณาการเข้ากับ PDB เป็นรายกรณี แต่เป็นงานที่เหนื่อยมาก ขณะที่เธอบอกฉัน เธอก็ตระหนักว่า “ไม่มีทางที่สิ่งนี้จะขยายใหญ่ขึ้น!” Berman
พยายามอยู่พักหนึ่งเพื่อขยายมาตรฐาน PDB และมอบให้กับชุมชนต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับการสร้างแบบจำลองเชิงบูรณาการ แต่ก็ไม่ได้ดี แต่ละชุมชนทำงานต่างกัน ทำความเข้าใจกับข้อมูลโดยใช้ขั้นตอนและมาตรฐานที่เหมาะสมกับการวิจัยของตน สมาชิกของพวกเขากลัวว่ามาตรฐานใหม่
ที่กำหนดจากภายนอกจะขัดขวางความคิดสร้างสรรค์และความสำเร็จปฏิกิริยามีตั้งแต่การไม่สนใจอย่างสุภาพไปจนถึงการเป็นศัตรูโดยสิ้นเชิง: นักวิจัยคนหนึ่งส่งข้อความที่น่ารังเกียจให้ Berman โดยยืนยันว่าเขาไม่มีความตั้งใจที่จะทำในสิ่งที่ “Madame President” ต้องการ โรเบิร์ต พี. ครีส
ปฏิกิริยามีตั้งแต่การไม่สนใจอย่างสุภาพไปจนถึงการเป็นศัตรูโดยสิ้นเชิง เช่น วันรุ่งขึ้นหลังจากการนำเสนอครั้งหนึ่ง นักวิจัยส่งข้อความที่น่ารังเกียจให้เบอร์แมนโดยยืนยันว่าเขาไม่มีเจตนาที่จะทำในสิ่งที่ “มาดามประธานาธิบดี” ต้องการ ความคิดแรกของเธอคือ: “ฉันจะเอาผู้ชายคนนี้มาอยู่ข้างฉันได้อย่างไร”
การค้นหานั้นไม่ใช่เรื่องง่าย หรืออย่างที่เบอร์แมนกล่าวไว้อย่างสุภาพว่า “นักวิทยาศาสตร์มักไม่เชี่ยวชาญด้านวิศวกรรมสังคม”เธอจึงตัดสินใจทิ้งมาตรฐานไว้กับชุมชนเอง ผูกมิตรกับสมาชิก ติดตามผู้เชี่ยวชาญ และอธิบายว่าความสำเร็จจะเป็นประโยชน์ต่อชุมชนได้อย่างไร
สิ่งสำคัญที่สุดคือเธอฟังว่าทำไมพวกเขาถึงรู้สึกว่าบางสิ่งอาจเป็นไปไม่ได้ในทางปฏิบัติ “ด้วยวิธีนี้ ผู้นำของแต่ละชุมชนยังคงเป็นผู้นำ” Andrej Sali นักชีววิทยาโครงสร้างแห่งมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย ซานฟรานซิสโก ผู้ซึ่งทำงานร่วมกับ Berman กล่าว “พวกเขายังคงดูแลมุมหนึ่งของจักรวาล”
อย่างไรก็ตาม
ชุมชนจำเป็นต้องหาวิธีในการแลกเปลี่ยนข้อมูลและสื่อสารระหว่างกัน ผลลัพธ์ที่ได้คือPDB-Dev – แพลตฟอร์มทดสอบที่ยืดหยุ่นซึ่งสามารถรองรับโครงสร้างเชิงบูรณาการประเภทต่างๆ ก่อนที่จะถูกเก็บถาวรใน PDB ในที่สุด ประสบความสำเร็จในการนำนักชีววิทยาเชิงโครงสร้างและชุมชนการทดลองต่างๆ
Berman ก้าวลงจากตำแหน่งหัวหน้า PDB ในปี 2014 แต่ยังคงมีส่วนร่วมในนั้น รวมถึงเป็นผู้นำการประชุมเชิงปฏิบัติการเมื่อปีที่แล้ว “มันอยู่ในระหว่างดำเนินการ” เธอยอมรับ “เมื่อแต่ละโครงสร้างเข้ามา เราพบปัญหาชุดใหม่ที่เราไม่เคยนึกถึงมาก่อน” ปัจจุบัน PDB-Dev
มีโครงสร้าง 61 แห่งและมีเป้าหมายที่จะรวมเข้ากับ PDB ในอีก 5 ปีข้างหน้าจุดวิกฤต Berman กล่าวถึงความสำเร็จบางอย่างของเธอจากภูมิหลังของครอบครัว: พ่อของเธอเป็นศัลยแพทย์และอาจารย์ที่โรงเรียนแพทย์ ในขณะที่แม่ของเธอเป็นนักจัดระเบียบสุขภาพชุมชนในย่านยากจนของบรู๊คลิน “พรสวรรค์ของเธอคือการทำให้ผู้คนพูดคุยกัน” Berman กล่าว
credit :
jpbagscoachoutletonline.com
CopdTreatmentsBlog.com
SildenafilBlog.com
maple-leaf-singers.com
faulindesign.com
doodeenarak.com
coachjpoutletbagsonline.com
MigraineTreatmentBlog.com
gymasticsweek.com
